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EM菌本身不是肥料，是一群复合微生物菌群，施入土壤中，一定要与足量的有机物配合使用，才能达到增强EM活力、提高土壤肥力的效果。
最好是常温，1天之中温度变化不大的阴凉处。塑料大棚内温度日变化很大，不适应作保存场所。
切忌不加盖子敞开存放。一旦开封后，尽快用完。即使过了保质期，如果没有异臭味，仍可使用。EM变质后会有异臭味，请不要使用。
冬季要防止EM冻结，不可在冰箱内长期保存。
EM的稀释液最好的在3天之内用完。
EM活性液也应在短期内用完。此外，不能用活性液再次发酵制作活性液。
使用EM时经常要用糖蜜（如制作玻卡西、活性液等）。糖蜜是糖厂榨甘蔗时排出的副产品。糖蜜中含有丰富的碳水化合物、纤维素、矿物质、微量元素，是EM菌增殖的良好基质、糖蜜中通常含有一定量的寄生杂菌，如杂菌多，会先行发酵，容器开盖时会有明显的气体喷出，并有明显的异味，糖蜜稀薄，糖度降低。故使用糖蜜应尽量选用新鲜无异味的、未发酵的、高粘度稠、高糖度的产品，盛糖蜜的容器也应保证清洁，切忌用盛过化工原料，油脂等旧桶盛装糖蜜。如能在使用前对糖蜜先进行蒸煮消毒处理，则可大大降低制作活性液、玻卡西等失败的分险。
甜菜榨出的糖蜜不可使用。
